La lutte ne s’arrête jamais pour les X-Men. Dans cette saison, Charles Xavier ses amis devront faire face à la Confrérie alors qu’une nouvelle menace plane sur la Terre : celle d’Apocalypse. Alors que de nouvelles recrues arrivent à l’institut (Iceberg, Berzerker, Big Bang, Solar, Rocket, Félina, Homme Multiple, Magma et Jubilé), les pires rivaux des X-Men voient une bien étrange mutante débarquer.

Cette saison est marquée par le poids de la menace et du mystère, tout se corse pour les mutants et ils ne pourront faire confiance en personne ! Ne vous fiez pas à la jeunesse qui arrive : le temps n’est plus aux jeux.