La saison 3 fut diffusée du 10 Novembre 2012 au 16 Février 2013, et diffère de ses prédécesseuses en ne présentant que 13 épisodes à la place de 26. Nos écrans français, pour leur part, n'ont pu partagé les épisodes qu'à partir du 31 Août 2013.

Les morales y sont bien moins explicites, mais un nouveau lieu majeur y est présenté: l'Empire de Cristal. La saison ramène à l'écran d'anciens personnages, comme Trixie (saison 1) et Discord, originairement vaincu, qui se voit d'ailleurs réformé. L'une des histoires est également présentée sous un double point de vue - dans un épisode avec celui de Spike, puis un autre avec celui des mane 6.

Mais le changement essentiel apparait dans l'ultime épisode de la saison, où Twilight se voit transformer en alicorne, et devient une princesse: celle de l'amitié. Il est très probable que cet épisode devait être, à l'origine, l'ultime épisode de la génération 4, mais c'était sans compter sur le succès de la série et l'enthouasiasme du large public touché!