Il est le premier personnage qui apparait dans le dessin animé, chevauchant son cheval Altivo qui appartiendra plus tard à Miguel et Tulio. C'est un conquistador espagnol inspiré d'un personnage ayant réellement existé et connu pour ses massacres et pillages dans l'empire Azthèque à l'époque des grandes conquêtes. Cortes est présenté comme cruel et ambitieux. Il expose dès le début du film ses projets de conquête de l’Eldorado pour l'or et pour la gloire. Cortes est un personnage sombre et très imposant qui apparait le plus souvent dans l'obscurité accompagné d'une musique reprenant le thème de "dies irae" qui évoque l'apocalypse.

Il prévoit de réduire en esclavage Miguel et Tulio dans les plantations de canne à sucre à Cuba lorsqu’il les découvre sur son bateau.

Il arrive plus tard sur le continent d’ Eldorado où il trouve la barque et les traces des deux héros dans le sable qu'il décide de suivre. 

Il rencontre Tzekel-Khan après que ce dernier soit tombé dans les flots de Xibalba et son regard se pose sur ses boucles d'oreilles en or. Il lui demande alors où il a acquéri ces bijoux et Tzekel-Khan conduit Cortes et ses troupes jusqu'à la cité d'Eldorado. Quand il se retrouve devant le mur de roches qui condamne l'entrée de la cité, Cortes pense qu’il s' est moqué de lui et réduit Tzekel-Khan en esclavage.