Jonathan Brisby est une souris qui vivra un destin extra-ordinaire. Il fut capturer par un laboratoire appelé NIMH qui mènera sur d'autres souris, des rats ainsi que lui, des expériences qui rendirent tous ses sujets intelligent. Alors que les rongeurs étant capable de lire tentèrent de s'évader de cette prison, toutes les souris furent aspirées par le conduit de ventilation. Toutes sauf deux, Mr Ages et lui. Il s'avéra être le sauveur des rats lorsque tous se retrouvèrent bloqués par une grille. Jonathan fut le seul à pouvoir passer par là pour tous les libérer. Il devint ainsi une icône très importante pour eux.

Il devint le mari de Madame Brisby ( dont on ignore le nom de jeune fille ) et il lui donna 4 enfants. Le mâle appris à lire à ses fils et filles ainsi qu'à sa femme. Mais elle ignorait tout de l'existence des rats de NIMH ni même du fait que les expériences avaient rendu Jonathan capable de mieux résister au vieillissement. Il mourut en voulant donner une poudre à Dragon et laissa une veuve derrière lui à qui il destinait un collier qu'il avait confié à Nicodémus.