Nicodemus est le chef du clan des rats de NIMH. Vraiment très vieux, il n'a pas eut la vie facile. Il faisait partit des rongeurs qui ont servit de cobayes aux hommes. Abusé par ceux-ci à force d'injection et testes divers, il fini par se rendre compte qu'il savait lire et que son intelligence était plus développée que celle d'un rat normal. Avec les autres rats et souris, ils s'enfuirent. Malgré la perte de toutes les souris qui se firent aspirer par la ventilation, à l'exception de Mr Ages et de Jonathan Brisby, lui et les autres rats purent s'enfuirent de NIMH grâce à la jeune souris.

Lui et sa bande s'installèrent donc dans le rosier de la ferme Fitzgibbon où ils commencèrent à construire un monde souterrain digne de leur intelligence. Ils utilisèrent l'électricité du fermier pour éclairer leur village. Il était très reconnaissant envers Jonathan sans qui tous seraient rester dans le laboratoire. La mort de celui-ci l'attrista beaucoup et il se sentait affreusement triste pour sa veuve. Lorsque celle-ci vint lui demander son aide, il ne pu refuser et les rats s'attelèrent donc à la tâche. Il fut cependant victime de Jennere qui ne pouvait supporter l'idée de Nicodemus de partir pour vivre à Thorn vallée pour pouvoir vivre sans voler les hommes.

Durant sa longue vie, le rat a acquis une sagesse énorme et était respecté de tous comme étant le chef des rats. Son apport à la communauté leur permis de pouvoir prendre leur totale indépendance des hommes pour fonder leur propre place dans le monde en ne vivant plus comme des animaux à proprement dire. Peu avant sa mort, il annonça que Timothée, le fils cadet de Jonathan devrait suivre les rats à la vallée de Thorn pour suivre les traces de son père et sauver à nouveau les rats.