Madame Brisby est une souris que la vie n'a pas épargné ... Mère de 4 enfants ( Teressa, Martin, Cynthia et Timothée ), elle est aussi veuve. Son mari, Jonathan Brisby, a en effet perdu la vie alors qu'il essayait de verser une poudre dans le bol du chat, Dragon, pour l'endormir et permettre aux rats de NIMH de rentrer dans la maison du fermier. Elle doit donc élever sa petite famille seule. Malgré le chagrin et la peur qui ont suivit la perte de son compagnon, Madame Brisby est forte et aime sa famille plus que tout. L'envie de les protéger est bien plus forte que la peur.

Un jour, son fils cadet est tombé très malade. Elle alla consulter Mr Ages qui lui expliqua que le pauvre souriceau était atteint d'une pneumonie. Il lui donna un antidote qu'elle devait lui donner. Sur le chemin du retour, elle fit la rencontre de Jérémy, un corbeau extraverti qui était emmêlé dans des cordages dont il voulait se servir pour faire un nid d'amoureux. Les cris de l'oiseau finirent par attirer Dragon qui se lança à leur poursuite. Par chance, Brisby réussit à décrocher Jérémy et elle pu s'enfuir et échappa au chat en plongeant dans l'eau. En sortant, elle se rendit compte que l'antidote pour son fils s'était perdu dans la bagarre. Elle pu cependant le récupérer car le corbeau l'avait ramassé. En rentrant chez elle, elle reçu la visite de Tatie musaraigne qui lui annonça que le jour du déménagement ne tarderait pas.

Le lendemain, tel que Tatie l'avait dit, le fermier mit en marche le tracteur. Timothée étant malade, il ne pouvait pas s'enfuir et Brisby décida donc d'arrêter le tracteur. Avec l'aide de la musaraigne, elle pu ainsi gagner du temps. Mais il reviendra et elle se devait de trouver une solution. Elle alla donc chez le grand hibou, un sage qui l'aida en lui conseillant d'aller voir les rats de NIMH, ceux du rosier de la ferme à coté de chez elle. Ces rongeurs très intelligents pourraient l'aider à déplacer sa maison dans l'angle mort d'une grosse pierre dans le champs.

En allant dans le rosier, elle découvrit que Mr Ages était avec eux. Elle y rencontra Justin, un rat de garde très gentil et Jenner, un rat qui ne voulait pas voir la communauté évoluer et prendre son indépendance. Brisby se rendit chez le chef de la bande, Nicodemus. Celui-ci lui raconta l'histoire des rats de NIMH et Brisby découvrit que son mari était en fait le sauveur d'une troupe de rongeurs ayant subit des injections dans le cadre d'une étude en laboratoire. Elle sut aussi ce jour-là comment il était mort et le vieux rat lui remit un collier que son mari voulait lui offrir, la pierre endormie ne se réveillerait que pour les âmes courageuses.. Nicodemus accepta de l'aider à mettre sa famille à l'abris et elle se proposa pour endormir Dragon afin que les rats puissent voler du matériel au fermier. Mais elle se fit attraper par le fils Fitzgibbons et finit dans une cage. Elle entendit une discussion entre Mr Fitzgibbons et un homme de NIMH, ils allaient venir pour essayer de capturer les rats. Elle se devait de sortir au plus vite de la cage pour les prévenir.

Elle pu tout de même s'en sortir et retourner chez elle où les rats bougeaient la maison. L'opération fut sabotée par Jennere et finit mal. Nicodemus perdit la vie et la maison était dans la boue. Elle prévint les rats de la venue de NIMH, ce qui poussa Jennere a attaquer Justin. Le combat se finit bien pour ce-dernier qui annonça le départ des rats. Mais la maison de Brisby s'enfonçait dans la boue et les rats ne purent rien faire pour l'empêcher de couler, malgré leurs efforts. La souris fit tout son possible aussi mais la maison finit par disparaitre dans la boue. Justin voulu la sauver de là et elle se débattait tellement pour sauver ses enfants malgré la peur que son courage réveilla la pierre endormie de son collier et le pouvoir de celle-ci pu mettre sa maison en lieu sûr en utilisant son pouvoir. Ce soir-là, les rats quittèrent la ferme pour partir dans la vallée de Thorn. La famille de Brisby mise à l'abris, la jeune mère put continuer à élever ses enfants. Son fils malade put guérir et le calme revint dans le champs.

Quelques temps plus tard, Brisby verra son fils cadet s'en aller pour la vallée de Thorn alors qu'il avait été élu par Nicodemus pour suivre les traces de son père. Mais une fois Timothée partit, son autre fils, Martin, s'en alla lui aussi, furieux de ne pas avoir été choisi. Elle ne revit aucun de ses garçons, malgré les nouvelles qu'elle recevait de Tim, avant un long moment. Elle put les retrouver tous les deux alors que son cadet était devenu un héros et l'ainé fut guérit de sa folie.